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环境化学与生态毒理学国家重点实验室率先在国内开展持久性有毒化学污染物（PersistentToxicSubstances，PTS）的相关研究和环境监测标准方法体系的建设，在环境分析方法与仪器设备研制、污染分布与演化趋势、污染物形态与环境化学行为以及生态毒理效应等方面开展了大量基础性的系统研究，在环境化学与生态毒理学学科建设与发展方面做出了重要的奠基性贡献，为我国持久性有毒化学污染物的环境管理及污染控制对策提供了科学依据。实验室瞄准国际学科发展前沿和国家环境与健康研究的重大需求，在持久性有毒污染物的分析方法、环境化学行为、毒理与健康效应方面开展了深入系统的研究，取得了一系列原创性成果，形成了鲜明的研究特色，在国内外学术界产生了重要影响，对推动我国环境化学与毒理学学科的发展、支撑国家履行关于持久性有机污染物的斯德哥尔摩公约方面发挥了不可替代的作用。实验室的主要研究方向是持久性有毒化学污染物（PTS）的分析方法、环境化学行为、毒理与健康效应。
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